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#ERP - 05-10-2021
L'émergence de variants plus infectieux du virus COVID-19 risque de ralentir la sortie de crise au niveau mondial et de remettre en cause l'immunité vaccinale actuelle.
Pour aider les gouvernements et les services de santé à identifier ces variants plus rapidement et à agir en conséquence, l'Université d'Oxford et Oracle ont créé un Système Mondial d'Analyse des Pathogènes (GPAS – Global Pathogen Analysis System) associant la plateforme évolutive de suivi des pathogènes d'Oxford (SP3) et Oracle Cloud Infrastructure(OCI).
“Ce nouvel outil puissant permettra aux spécialistes de la santé publique des organismes de recherche, des services publics de santé et des sociétés de diagnostic à travers le monde de mieux comprendre les maladies infectieuses, en commençant par le coronavirus ,” déclare Derrick Crook, Professeur de Microbiologie au Service de Médecine de Nuffield au sein de l'Université d'Oxford.
“Le Système Mondial d'Analyse des Pathogènes permettra d'établir un standard international commun pour assembler et analyser ce nouveau virus, ainsi que d'autres menaces microbiennes pour la santé publique. Ce système ajoute une nouvelle dimension à nos capacités de traitement des données des pathogènes. Nous sommes enthousiasmés par ce partenariat avec Oracle qui nous permettra d'approfondir nos recherches grâce à cette nouvelle plateforme à la pointe de la technologie.”
Initialement utilisé pour la tuberculose, SP3a été repositionné pour unifier, standardiser, analyser et comparer les données de séquençage du SARS-CoV-2, afin de produire des séquences génomiques annotées et d'identifier les nouveaux variants ainsi que ceux qui s'avèrent préoccupants. Les capacités de traitement de SP3’ont été enrichies grâce à de nouveaux développements importants réalisés par Oracle, permettant d'atteindre des hautes performances avec une sécurité maximale et une disponibilité mondiale en 24x7 du système SP3 dans Oracle Cloud. Le système SP3 fournira désormais des résultats complets et standardisés des analyses de la COVID-19 quelques minutes seulement après leur soumission, et ceci à l'échelle internationale. Les résultats seront partagés avec de nombreux pays à travers le globe dans un environnement sécurisé.
“La capacité à examiner de façon systématique les variants génétiques de nombreux pathogènes apportera de nombreux bénéfices déterminants pour la santé publique mondiale. Avec Oracle comme partenaire, ce programme nous rapproche encore plus de cet objectif,” déclare Sir John Bell, Professeur Regius de Médecine de l'Université d'Oxford.
En s'appuyant sur les capacités étendues d'Oracle Cloud en matière d'apprentissage automatique, les scientifiques, les chercheurs et les gouvernements du monde entier qui collaborent à ce projet peuvent ainsi pour la première fois traiter, analyser, visualiser et agir sur une large collection de données du pathogène COVID-19. Ces fonctionnalités incluent notamment l'identification de variants spécifiques et leur impact potentiel sur l'efficacité des vaccins et des traitements. Par exemple, les tableaux de bord analytiques du système montreront quelles souches spécifiques se propagent plus rapidement que d'autres et si certaines caractéristiques génétiques contribuent à l'augmentation de la transmissibilité ou à une baisse d'efficacité du vaccin. Oxford a déjà traité la moitié des séquences mondiales du SARS-CoV-2, soit plus de 500 000 en tout.
“Il y a un besoin critique de coopération mondiale sur le séquençage et l'analyse du génome de la COVID-19 et d'autres pathogènes,” déclare Larry Ellison, Oracle Chairman & CTO. “ Le système SP3 renforcé va constituer un standard mondial pour la collecte et l'analyse des données des pathogènes, permettant ainsi aux chercheurs en médecine de mieux comprendre le virus COVID-19 et d'autres microbes menaçant la santé publique.”
La prochaine étape sera d'étendre ce service à tous les pathogènes tout en collaborant avec les scientifiques des organismes de recherche, des agences de santé publique et des entreprises privées afin que ce travail puisse nourrir la prise de décisions sur les stratégies de réponse aux pandémies dans le monde entier.
Cette plateforme sera utilisable gratuitement par tous les chercheurs et les organismes à but non lucratif de la planète.
La Rédaction
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